Isenthal ligger i kantonen Uri vid västra sidan av Urnersee, den sydöstra delen av Vierwaldstättersee. Den skogsklädda Grosstal genomkorsas här av Isentalerbach. Vid kraftverket Kleintal mynnar Chlitalerbach och härifrån kallas dalen Isental. Kommunen Isenthal ligger mellan Wolfenschiessen, Engelberg och Urnersee. Kommunen inkluderar stora alpina områden. Den högst belägna platsen är Gitschenen (på 1550 m ö. h.). Området är känt för orörda landskap, omsorgsfullt skötta alper och täta bergskogar.