Bönigen ligger vid södra stranden av Brienzersee i Berner Oberland. Bycentrum av Bönigen sträcker sig längs den nordvästra kommungränsen vid Lütschine fram till sjön och är nästan sammanhängande med Interlaken. I byn finns pittoreska träbyggnader, ofta redan från 1500-talet. Den största delen av orten består av branta bergssluttningar. På toppen av dessa finns Loucherhorn, Roteflue och Schynige Platte. Promenader vid sjön eller en cykeltur längs Lütschine är mycket avkopplande. Från Bönigen görs gärna kajakturer eller jetboat-turer över Brienzersee.