Isenthal terletak di Kanton Uri di sisi barat Urnersee, bahagian tenggara Vierwaldstättersee. Lembah yang kaya dengan hutan ini dilalui oleh Isentalerbach. Di loji janakuasa Kleintal, Chlitalerbach bertemu dan dari sini lembah disebut Isental. Perbandaran Isenthal terletak di antara Wolfenschiessen, Engelberg dan Urnersee. Perbandaran ini merangkumi kawasan alp yang luas. Tempat tertinggi ialah Gitschenen (pada 1550 m di atas paras laut). Kawasan ini terkenal dengan landskap yang tidak disentuh, alpine yang dijaga dengan baik dan hutan gunung yang lebat.