Isenthal ligger i kanton Uri på vestsiden af Urner-søen, den sydøstlige del af Vierwaldstätter-søen. Den skovrige Grosstal bliver her gennemstrømmet af Isentalerbach. Ved kraftværket Kleintal munder Chlitalerbach, og fra her hedder dalen Isental. Kommunen Isenthal ligger mellem Wolfenschiessen, Engelberg og Urner-søen. Kommunen omfatter store alpeområder. Den højst beliggende by er Gitschenen (på 1550 m o.h.). Området er kendt for uberørte landskaber, kærligt plejede alper og tætte bjørgskove.