Bönigen ligger ved sydsiden af Brienzersee i Berner Oberland. Landsbyens centrum strækker sig langs den nordvestlige kommunegrænse ved Lütschine indtil søen og er næsten forbundet med Interlaken. I landsbyen findes der maleriske træhuse, ofte fra det 16. århundrede. Den flade del af byen består hovedsageligt af stejle bjergsider. På toppen af disse findes Loucherhorn, Roteflue og Schynige Platte. Spadsereture ved søen eller en cykeltur langs Lütschine er meget afslappende. Fra Bönigen nyder man ofte kajakture eller jetboat-ture på Brienzersee.