Isenthal fica no cantão de Uri, na margem oeste do Lago de Uri, a parte sudeste do Lago de Quatro Cantões. O vale arborizado de Grosstal é atravessado aqui pelo ribeiro Isentalerbach. Na central elétrica de Kleintal, o ribeiro Chlitalerbach deságua e, a partir daqui, o vale é chamado de Isental. O município de Isenthal está situado entre Wolfenschiessen, Engelberg e o Lago de Uri. O município inclui grandes áreas alpinas. O lugar mais alto é Gitschenen (a 1550 m acima do nível do mar). A área é conhecida por suas paisagens intocadas, pastagens carinhosamente cuidadas e densas florestas montanhosas.
