Isenthal ligt in het kanton Uri aan de westzijde van het Urnermeer, het zuidoostelijke deel van het Vierwaldstättermeer. Het bosrijke Grosstal wordt hier doorkruist door de Isentalerbach. Bij het krachtwerk Kleintal mondt de Chlitalerbach uit en vanaf hier heet het dal Isental. De gemeente Isenthal ligt tussen Wolfenschiessen, Engelberg en het Urnermeer. Tot de gemeente behoren grote alpengebieden. De hoogstgelegen plaats is Gitschenen (op 1550 m boven zeeniveau). Het gebied staat bekend om ongerepte landschappen, liefdevol onderhouden alpen en dichte bergbossen.
