Isenthal liegt im Kanton Uri an der Westseite des Urnersees, dem südöstlichen Teil des Vierwaldstättersees. Das waldreiche Grosstal wird hier vom Isentalerbach durchflossen. Am Kraftwerk Kleintal mündet der Chlitalerbach und ab hier heisst das Tal Isental. Die Gemeinde Isenthal liegt zwischen Wolfenschiessen, Engelberg und dem Urnersee. Zur Gemeinde gehören grosse Alpgebiete. Der höchstgelegene Ort ist Gitschenen (auf 1550 m ü. M.). Das Gebiet ist bekannt für unberührte Landschaften, liebevoll gepflegte Alpen und dichte Bergwälder.
