Isenthal terletak di Kanton Uri di sisi barat Danau Urner, bagian tenggara dari Danau Vierwaldstätter. Lembah Gros yang berhutan lebat dialiri oleh Sungai Isentaler. Di Pembangkit Listrik Kleintal, Sungai Chlitaler bermuara dan dari sini lembah ini disebut Isental. Komune Isenthal terletak di antara Wolfenschiessen, Engelberg, dan Danau Urner. Komune ini mencakup area alpine yang luas. Tempat terletak tertinggi adalah Gitschenen (pada 1550 m dpl). Wilayah ini terkenal karena lanskap yang belum terjamah, alp yang dipelihara dengan baik, dan hutan pegunungan yang lebat.