Isenthal se situe dans le canton d'Uri, sur la rive ouest du lac de Lucerne, la partie sud-est du lac des Quatre-Cantons. La vallée boisée de Grosstal est ici traversée par le ruisseau Isentalerbach. Au niveau de la centrale électrique de Kleintal, le ruisseau Chlitalerbach se jette, et à partir d'ici, la vallée s'appelle Isental. La commune d'Isenthal se trouve entre Wolfenschiessen, Engelberg et le lac d'Uri. La commune comprend de vastes zones alpines. Le village le plus élevé est Gitschenen (à 1550 m d'altitude). La région est connue pour ses paysages préservés, ses alpages soignés avec amour et ses denses forêts de montagne.