Bönigen se trouve sur la rive sud du lac de Brienz dans l'Oberland bernois. Le centre du village de Bönigen s'étend à la limite nord-ouest de la commune le long de la Lütschine jusqu'au lac et est presque relié à Interlaken. Le village abrite de pittoresques maisons en bois, datant souvent du 16ème siècle. La plus grande partie du village, en termes de surface, est constituée d'un versant de montagne abrupt. Au sommet, on trouve le Loucherhorn, la Roteflue et la Schynige Platte. Les promenades au bord du lac ou un tour à vélo le long de la Lütschine sont très reposants. A partir de Bönigen, on aime faire des tours en kayak ou en jet boat sur le lac de Brienz.