Isenthal está situado en el cantón de Uri, en la orilla occidental del lago Uri, al sureste del lago de los Cuatro Cantones. El boscoso valle de Grosstal está atravesado por el arroyo Isentalerbach. El Chlitalerbach desemboca en la central eléctrica de Kleintal y a partir de aquí el valle se llama Isental. El municipio de Isenthal está situado entre Wolfenschiessen, Engelberg y el lago Uri. Amplias zonas alpinas pertenecen al municipio. El lugar más alto es Gitschenen (a 1.550 metros sobre el nivel del mar). La zona es conocida por sus paisajes vírgenes, sus cuidados alpes y sus densos bosques de montaña.
