Isenthal se nachází v kantonu Uri na západním břehu Urnersee, v jihovýchodní části Vierwaldstättersee. Lesnaté Grosstal zde protéká Isentalerbach. U elektrárny Kleintal se vlévá Chlitalerbach a odtud se údolí nazývá Isental. Obec Isenthal leží mezi Wolfenschiessen, Engelberg a Urnersee. K obci patří velké alpské oblasti. Nejvýše položené místo je Gitschenen (v 1550 m n. m.). Oblast je známá nedotčenou krajinou, pečlivě udržovanými pastvinami a hustými horskými lesy.